اتهمت عدة تقارير، الحكومة القطرية بتمويل منظمات وجمعيات خيرية وحقوقية، بهدف دعم الإرهاب في المنطقة، بطريقة مستترة.

تقرير للخزانة الأمريكية يعود لعام 2013، أدرج رئيس منظمة الكرامة، والتي تم تأسيسها في عام 2014؛ عبدالرحمن النعيمي على لائحة الإرهاب - يتحرك بحرية تامة داخل قطر -، حيث تم اتهامه بتحويل ما يقرب من مليون ونصف المليون دولار شهريًا إلى مسلحي "القاعدة" في العراق، و375 ألف دولار لفرع تنيظم "القاعدة" في سوريا.

وتناول موقع "العين " الإخباري، أمس الأحد، الحديث عن منظمة تُدعى "قطر الخيرية"، تتهم هى الآخرى بتقديم الدعم المالي للإرهاب في سوريا واليمن. والجدير بالذكر أن أمراء قطر هم  من يقفون خلف تأسيس تلك المنظمة الخيرية، منذ عام 1992، بهدف مُعلن؛ ألا وهو توفير المساعدات للمحتاجين، على الرغم من أن مهمتها الحقيقية تعود بحسب تقرير لمؤسسة دعم الديمقراطية الأمريكية، بعنوان "قطر ودعمها المالي للإرهاب"، إلى توفير المساعدات المالية للجماعات الإرهابية في اليمن.

وفي أكتوبر من عام 2014، نشر موقع "النهار" تقريرًا بعنوان "الدور السري لجمعيات قطر الخيرية في تمويل الإرهاب"، ذكر أن الجمعيات القطرية تنفق ما يقرب من 90% سنويًا من أموال التبرعات في استثمارات ومشروعات خيرية في الخارج، وأن اجمالي التبرعات التي خرجت من قطر في عام 2012، قدر بحوالي 1.5 مليار دولار، ذهبت إلى ما أعلن أنه أعمال إغاثية، في كل من اليمن  وسوريا وليبيا ومالي وغيرهم.

وأضاف التقرير السابق الذكر أن وزير الخارجية التونسي في وقت سابق، اتهم قطر علنًا بدعم الجماعات الإرهابية، وذلك بعد القبض على 11 تونسيًا كانوا يعملون في إحدى الجمعيات الخيرية.

ونشرت صحيفة "فورين بوليسي" ، في عام 2012، تقريرًا اتهمت من خلاله، منظمة قطر الخيرية، بدعم عناصر من تنظيم "القاعدة"، الناشطون في مالي، مشيرة إلى أن تلك العناصر ليست فقط مسلحة جيدًا، ولكنها أيضا ممولة بشكل جيد.

وعلي الرغم من انكشاف ذلك الأمر منذ سنوات، ما تسبب في ضغوط دولية حينها على الدوحة، دفعت أمير قطر، الشيخ تميم بن حمد آل ثاني، إلى إصدار قانون برقم 15 لعام 2014، يتعلق بتنظيم العمل الخيري في قطر؛ إلا أن المعطيات والمعلومات الحالية تؤكد أن ذلك القانون يتساهل إلى حد كبير، عندما يتعلق الأمر بدعم الإرهاب، وهو ما أشار له المحللون في ذاك الوقت، مذكرين بأن قطر اتخذت اجرءات مشابهة في عام 2004، وغيرها في عام 2006، ولكن دون جدوي.