ظلت الكنيسة الأثيوبية منذ نشأتها عام 330م تابعة الكنيسة القبطية الأرثوذكسية، التي كانت تقوم برسامة أساقفة لها يتبعون الكرسي المرقسي في مصر، وكانت أثيوبيا تعامل كإيبارشية تابعة للكنيسة المصرية.

وظل الوضع هكذا حتى توصلت كل من الكنيستين القبطية والأثيوبية إلى اتفاق مهد لانفصال واستقلال الكنيسة الأثيوبية عام 1948، حيث قام بطريرك الإسكندرية للأقباط الأنبا يوساب البطريرك الـ115 في ذلك العام برسامة خمسة أساقفة لهذه الكنيسة وفوضهم بانتخاب بطريرك جديد لهم يكون له السلطان لاحقا لرسامة أساقفة جدد لكنيسته.

وفي 14 يناير 1951م تم اختيار الأب باسيليوس كأول بطريرك لأثيوبيا، إلا أنه لم يتوج إلا عام 1959، حيث قام بطريرك الكنيسة القبطية البابا كيرلس السادس بتتويج باسيليوس كأول بطريرك على كنيسة أثيوبيا الأرثوذكسية.

وتوفي البطريرك باسيليوس عام 1971م وخلفه في ذلك العام ثيؤفيلوس، ومع سقوط الإمبراطور هيلا سيلاسي عام 1974م فصلت الكنيسة في أثيوبيا عن الدولة، وبدأت حكومة أثيوبيا الجديدة  الشيوعية بتأميم الأراضي بما في ذلك أراضي الكنيسة.

وفي عام 1976م اعتقل البطريرك ثيؤفيلوس من قبل السلطات العسكرية وتم إعدامه بسرية في وقت لاحق من ذلك العام، فقامت الحكومة بأمر الكنيسة بانتخاب بطريرك جديد لها فتم تتويج تيكلا هيمانوت بهذا المنصب.

ومن جانبها رفضت الكنيسة القبطية انتخاب ذلك البطريرك على اعتبار أن المجمع المقدس للكنيسة الأثيوبية لم يقر بعزل البطريرك السابق ثيوفيلوس، لأنه لم يكن يُعرف بعد للعلن بأنه تم إعدامه من قبل الحكومة فكان لا يزال يُعتبر البطريرك الشرعي لأثيوبيا، وعلى إثر ذلك انقطعت وسائل الاتصال  بين الكنيستين، وعندما توفي هذا البطريرك عام 1988م تم انتخاب ميركوريوس عضو البرلمان الإثيوبي الموالي للحاكم لهذا المنصب.

في عام 1991م ومع سقوط نظام منغستو هيلا مريام الديكتاتوري وقدوم الجبهة الشعبية الديمقراطية الثورية الأثيوبية للحكم، عُزل البطريرك ميركوريوس بضغط من الشعب والحكومة وانتخبت الكنيسة باولس بطريركا جديدا لها، وهرب البطريرك السابق ميركوريوس خارج البلاد وأعلن من منفاه بأن عزله تم بالإكراه وعلى ذلك فهو لا يزال البطريرك الشرعي لأثيوبيا، تبعه إلى ذلك عدة أساقفة وشكلوا خارج أثيوبيا مجمعا مقدسا لهم تعترف به عدة كنائس أثيوبية في أمريكا الشمالية وأوروبا، وتعتبر بأن ميركوريوس هو البطريرك الحقيقي، بينما استمر المجمع المقدس الآخر داخل أثيوبيا يقر بشرعية البطريرك باولس.

وظل البابا باولس بطريرك جاثوليق على أثيوبيا إلى أن توفي عام 2012 وتم اختيار الأنبا ماتياس خلفا له.