اتهم عضو هيئة الدفاع عن قيادات الإخوان، المحامي منتصر الزيات، الرئيس عبدالفتاح السيسي بإخفاء أدلة إدانة الرئيس الأسبق حسني مبارك في قضية قتل المتظاهرين، وذلك خلال مرافعته بمحاكمة الرئيس الأسبق محمد مرسي، بقضية التخابر، أمام محكمة جنايات القاهرة برئاسة المستشار شعبان الشامي.

قال الزيات "إن السيسي كان يشغل عقب أحداث ثورة 25 يناير، منصب مدير عام المخابرات الحربية، وفي أحداث قتل المتظاهرين بميدان التحرير، كانت كاميرات المتحف المصري تصور تلك الوقائع، وبسؤال النيابة عن تلك التسجيلات، أكد مسؤولو المتحف أنهم سلموها للمخابرات، التي كان السيسي مديرها، إلا أن جهاز المخابرات لم يقدم تلك التسجيلات للمحكمة". كما انتقد الزيات إتلاف السيديهات التي تصور وقائع قتل المتظاهرين، منوها إلى أن المتسبب في ذلك حوكم بالحبس 6 أشهر مع إيقاف التنفيذ.

في سياق آخر، طعن الدفاع بتزوير محضر التحريات الموقع عليه من قبل المحامي العام الأول لنيابة أمن الدولة العليا، المستشار تامر الفرجاني، والمؤرخ في 9 يناير 2011، والخاص بإدانة مرسي وقيادات الإخوان في تلك القضية، في حين أن المستشار هشام بدوي، كان يشغل منصب المحامي العام الأول للنيابة في ذلك الوقت.

كانت النيابة وجهت للمتهمين في القضية، اتهامات بالتخابر مع جهات خارجية وإفشاء أسرار البلاد، وارتكاب جرائم التخابر مع منظمات وجهات أجنبية خارج البلاد، وإفشاء أسرار الأمن القومي، والتنسيق مع تنظيمات جهادية داخل مصر وخارجها، بغية الإعداد لعمليات إرهابية داخل الأراضي المصرية، وامتد الأمر عقب عزل مرسي، حيث خططت الجماعة لاستهداف منشآت وأفراد الجيش والشرطة، وتنفيذ عمليات إرهابية ضدها.

وتضم القضية 21 متهما محبوسا بصفة احتياطية على ذمة القضية، يتقدمهم محمد مرسي وكبار قيادات تنظيم الإخوان، على رأسهم المرشد العام للتنظيم محمد بديع، وعدد من نوابه وأعضاء مكتب إرشاد التنظيم، وكبار مستشاري الرئيس الأسبق، بالإضافة إلى 15 متهما آخرين هاربين، أمرت النيابة بسرعة إلقاء القبض عليهم.