مسجد الأمير محمد على بالمنيل شُيد على التراث العثمانى، ويعد تحفة فنية معمارية نادرة داخل متحف قصر الأمير محمد على. يتكون المسجد من إيوانين جمعا بين الطرز الحضارية الأندلسية المغربية والحضارة العثمانية، وباب المسجد مصنوع من الخشب المصفح بالنحاس المؤكسد، وتعلو الباب البسملة وسورة الإخلاص

وقد نفذت بخط كوفي تتخلله رسوم أزهار، أما سقف المسجد من الداخل فيعد تحفة فريدة ليس لها مثيل؛ فسقف الإيوان الشرقى عبارة عن فتحات مغطاة بزجاج أصفر مصنوع على شكل قباب، تسمح بمرور الضوء الطبيعي، وكل قبة مع زخارفها تشبه أشعة الشمس، وتفصل القباب وحدات بداخلها زخرفة الأرابيسك، أما الإيوان الغربى  فقد زخرف بقرص وأشعة الشمس .

يذكر أن المسجد بناه الأمير محمد على توفيق، ابن الخديوى توفيق وشقيق الخديوى عباس حلمى، والذى كان أحد ثلاثة فى مجلس الوصاية على عرش مصر ما بين وفاة الملك فؤاد الأول وجلوس ابن عمه الملك فاروق على عرش مصر.