بعدما فتح عمرو بن العاص مصر سنة 20 هـ /640 م، أسس مدينة الفسطاط عاصمة مصر في ذلك الوقت، وكان يستخدم الجامع في اجتماعات المسلمين، كانت مساحته وقت إنشائه صغيرة 50 ذراعا في 30 ذراعا، وتسوده البساطة، وبنى المسجد على قوائم جذوع النخل المغطى بالجريد، ثم تعرض الجامع للتغيرات المعمارية وزادت المساحة تدريجيا حتى وصل إلى شلكة الحالي على مساحة 12 ألف متر مربع.