ويمتلك ميكالي مشوارًا مميزًا كمدير فني، خاصة على صعيد المراحل السنية الشابة، حيث قاد المنتخب البرازيلي للميدالية الذهبية الأولى فى تاريخه فى كرة القدم بالألعاب الأوليمبية، في أوليمبياد ريو دى جانيرو 2016، كما حصل مع المنتخب البرازيلي تحت 20 عامًا على الميدالية الفضية كوصيف لبطولة العالم للشباب عام 2015.

وبدأ روجيرو ميكالي مسيرته التدريبية عام 1999 بتولى مهمة تدريب فريق الشباب بنادي بورتوجيزا لوندرينسي، وهو أحد الأندية الصغيرة في البرازيل.

وبين عامي 2009 إلى 2010 شهدت عودة ميكالي لتولى تدريب فريق الشباب بنادي أتلتيكو مينيرو، ورحل عنه فترة قصيرة، قبل العودة للمرة الثالثة لقيادة فريق الشباب بأتلتيكو مينيرو خلال الفترة من 2011 إلى 2015.

تولى تدريب منتخب الشباب البرازيلي تحت 20 عامًا، في عام 2015، قبل أيام قليلة من كأس العالم، وقدم أداء جيدًا ونجح في الوصول للنهائي لكنه خسر على يد صربيا.

وقاد ميكالي منتخب البرازيل تحت 20 عامًا لحصد الميدالية البرونزية بدورة الألعاب الأمريكية عام 2015، التي استضافتها مدينة تورنتو الكندية.

وفاز بذهبية أوليمبياد ريو دي جانيرو 2016، إلا أنه فشل لاحقًا في الوصول لكأس العالم لمنتخبات الشباب تحت 20 عامًا بالمنتخب الأصغر سنًا، لتتم إقالته ويعود إلى أتلتيكو مينيرو كمدرب للفريق الأول في 2017.

الفترة من 2017 إلى 2020، تولى ميكالي، تدريب أربعة فريق، وهي أتلتيكو مينيرو، وبارانا، وفيجورينسي، ثم فريق الشباب بنادي كروزيرو.

العام الماضي 2021، خاض روجيرو ميكالي أولى تجاربه خارج البرازيل، عندما تولى مهمة تدريب فريق الهلال السعودي، خلفًا للروماني رازفان لوشيسكو، ولكن المسيرة لم تدم طويلًا حيث أقيل ميكالي من منصبه في الثالث من مايو من العام ذاته، بعدما واجه الهلال، شبه الخروج من دوري أبطال آسيا.

قاد ميكالي الهلال فى 13 مباراة، حقق خلالها الفريق الفوز فى ثماني مباريات، مقابل تعادل وحيد، وأربع هزائم.

فى أكتوبر 2021 عُين ميكالي مديرًا فنيًا لفريق الظفرة الإماراتي، خلفًا للسوري محمد قويض، لكن مشوار المدرب البرازيلي مع الظفرة لم يدم سوى خمسة أشهر.