ارتبط اسم محمود الجوهرى بالمنتخب الوطنى حيث قاد الفراعنة في أربع ولايات مختلفة نظرا للثقة التي كان يتمتع بها الراحل لدى الجماهير المصرية التي كانت تثق في إختيارات المدير الفني بالرغم منى أنه كان يميل للطرق الدفاعية .

استطاع محمود الجوهري الصعود بالمنتخب الوطنى لكأس العالم عام 1990 وظهر المنتخب بشكل جيد بعدما تعادل في أولى مواجهاته أمام هولندا بهدف لمثله في لقاء تسيده أبناء الفراعنة ثم التعادل أمام إيرلندا سلبيا وأخيرا الخسارة أمام إنجلترا بهدف مقابل للاشئ .

قاد محمود الجوهرى المنتخب الوطنى في الولاية الأولى عام 1988 ونجح في قيادة الفراعنة لكأس العالم عام 1990 التي أقيمت بإيطاليا واستمر بعد الخروج ، إلى أن تمت الإطاحة به ىبعد الخسارة أمام اليونان في لقاء ودى بسداسية نظيفة.

عام 1992 عاد الجوهرى من جديد فاز بكأس العرب وهو ما عوض خروج الفريق من الدور الأول في كأس الأمم الإفريقية في بداية العام ، واستقال في يوليو 1993 بعد إخفاقه في التأهل لكأس العالم عام 1994 .  

عين محمود الجوهري مدرباً لمنتخب مصر عقب بداية متعثرة لتصفيات كأس العالم 1998 لكنه لم ينجح في التأهل بالرغم من أنه عاد للمنافسة إلا أن المنتخب فشل ، واستكمل الجوهرى مشواره ونجح في تحقيق كأس الأمم الأفريقية عام 1998 التي أقيمت ببوركينا فاسو ، واستقال عام 1999 عقب الخسارة الكبيرة للمنتخب 5-1 أمام السعودية في كأس القارات 1999 فى المكسيك .

يعود الجوهرى من جديد لقيادة صفوف المنتخب في الولاية الرابعة عام 2000 بعد الخروج من بطولة كأس الأمم الأفريقية على أمل صناعة فريق جديد للكرة المصرية يستطيع المنافسة على الصعود لكأس العالم ، وبالفعل نجح الجنرال في صناعة جيل جديد للكرة المصرية بقيادة حازم إمام وعبد الستار صبرى وياسر رضوان ومحمد عمارة بالإضافة لعناصر الخبرة حسام وإبراهيم حسن إلا أنه فشل في التأهل للمونديال ليرحل عن قيادة المنتخب بشكل نهائي إلى الأردن الذى قاده خلال 5 أعوام حقق فيهم الكثير والكثير للكرة الأردنية .