أقيمت بطولة كأس السوبر المصري السعودي لأول مرة عام 2001 في إطار توأمة عقدت بين الإتحادين المصري والسعودي لكرة القدم، تنفيذا للفكرة التي تبناها الرئيس العام لرعاية الشباب الأمير الراحل فيصل بن فهد بن عبد العزيز آل سعود وسمير زاهر رئيس اتحاد الكرة المصري عام 1998.

ونظمت البطولة على مباراتين تقام احداهما في المملكة العربية السعودية والأخرى تقام في مصر.. بحيث يلعب بطلىّ الكأس في البلدين على (كأس الملك فهد) في المملكة العربية السعودية، بينما يلعب بطلى الدورى في البلدين على (كأس الرئيس السابق محمد حسنى مبارك) في القاهرة.

أقيمت البطولة مرتين فقط أعوام 2001، 2003، فازت الاندية السعودية بثلاث بطولات بواقع بطولتين لنادي الاتحاد السعودي وبطوله لنادي الهلال السعودي في حين حققت الأندية المصرية بطولة وحيدة كانت من نصيب الزمالك على حساب اتحاد جدة وكانت أخر نسخة من البطولة، التى من المقرر أن تقام من جديد فى الموسم الجديد بعد اتفاق الاتحادين المصرى والسعودى مؤخرا على إقامتها مجددا.