ترجع نشأة الأسطول المصري في العصر الحديث إلى طلب السلطان العثماني محمود الثاني من محمد علي باشا ضرب الحركة الوهابية في الحجاز، فأخذ الباشا يبنى السفن في ترسانة بولاق مستخدمًا أشجار التوت والنبق وأخشاب جلبها من آسيا الصغرى، واستخدم الضباط الأتراك لقيادة هذه السفن، أما البحارة فكانوا من الفرنسيين والإنجليز واليونانيين والأتراك والعبيد، وقد اقتصر دور هذا الأسطول في البداية على نقل الإمدادات والتموين طوال سنوات الحملة (1811 – 1818).
أما البداية الحقيقية للأسطول المصري فكانت في البحر المتوسط عندما تدخل محمد علي في حملة المورة (بلاد اليونان) مع مطلع العقد الثالث من القرن التاسع عشر. في هذه المرحلة اعتمد محمد علي على شراء السفن من الدول الأجنبية، وخلال حرب المورة واجه الأسطول المصري إلى جانب الأسطول العثماني في معركة نفارين أساطيل إنجلترا وفرنسا وروسيا، ورغم عدم التكافؤ في القوة وفي المستوى الفني، ورغم ترك الضباط الفرنسيين لمراكزهم في السفن المصرية فإن رجال البحرية المصرية قاموا بواجبهم في الدفاع عن شرفهم العسكري ورغم هزيمة نفارين ظل محمد علي مهتمًا بتقوية البحرية عن طريق إنشاء ترسانة الإسكندرية، وعندما بدأت الأعمال العدائية بينه وبين العثمانيين في الشام قام الأسطول بواجباته من حمل الرجال ومعاونة القوات البرية الزاحفة على طول الساحل نحو الشمال.مع صدور فرمان عام 1841 لم يصبح لمحمد علي حق بناء السفن الحربية إلا بإذن من الباب العالي ومن ذلك الوقت بدأ إضمحلال البحرية المصرية فلم تعد الترسانة تعمل بكامل طاقتها.