كشف تقرير الجهاز المركزي للمحاسبات، وجود عدد من المخالفات الإدارية والمالية بجامعة بورسعيد، حيث تمثل إهدارا صارخا للمال العام، والتي منها على سبيل المثال ملاحظات بشأن الفحص المالي والإداري للوحدات ذات الطابع الخاص ومراكز الخدمة العامة  بمختلف الكليات في  جامعة بورسعيد.

ورصد التقرير صرف مكافآت مالية بدون وجه حق، تتعلق بأعمال النادي العام لجامعة بورسعيد بمدينة بورفؤاد، وهذا لعدم وجود دورة مستندات كاملة لبعض العمليات، هذا إلى جانب عملية تعديل أحد التقارير الخاصة بتقدير كفاية الأداء السنوي لأحد العاملين ولأعضاء هيئة التدريس، وذلك مخالفة للإجراءات وقواعد اللائحة الإدارية المتبعة في هذا الشأن، بالإضافة إلى قيام رئيس جامعة بورسعيد المؤقت الدكتور علاء الدين حامد، بتجديد التعيين السنوي لأحد مديري العموم المحول للنيابة الإدارية، للتحقيق بخصوص واقعة فساد، وذلك دون الرجوع إلى اللجنة الدائمة  لاختيارالقيادات، والتي من اختصاصها بحث  مثل هذه الأمور.

وأفاد مصدر بأحد إدارات المتابعة والإشراف بجامعة بورسعيد، أنه جاري قيام هيئة الرقابة الإدارية بفحص تلك المخالفات لاتخاذ الإجراء اللازم نحو مرتكبها.