دخل إسلام بحيري التاريخ باعتباره شخص يختصمه الأزهر صراحة بسبب أرائه الدينية، في تاريخ الإعلام المرئي، بعدما أرسل الأزهر خطابا رسميا لهئية الاستثمار المصرية يطالب بوقف البرنامج.

وسبق البحيري في الاختصام أمام القضاء قبل ظهور الإعلام المرئي الشيخ علي عبد الرازق الذي اتهمه الأزهريون بالكفر والزندقة بعد تأليفه (كتاب الإسلام وأصول الحكم ) والذي أثبت فيه بالأدلة انتفاء وجود نظام إسلامي شرعي للحكم، ونفى كل فتاوى عصره التي تدعو لنظام الخلافة، وكان ذلك صدمة دحضت الحشد الذي أطلقه الأزهريون من أجل الدعوة لتنصيب الملك فؤاد خليفة للمسلمين.ووقتها أعلن الأزهر الحرب عليه وسحب منه شهادته وجرده من موقعه وآخيرا فصله.

ومن بعده معركة طه حسين مع الأزهر بسبب كتابه “في الشعر الجاهلي” والذي دعا فيه لإعادة قراءة تفاسير القرآن، وإعادة النظر في كل ماهو مقدس من إبداع الفقهاء لأنهم بشر قد يصيبون ويخطئون، وتجددت معركة الأزهريين بعد فترة من الوقت بين الأزهريين والمستشار محمد سعيد العشماوي بسبب كتابه “الخلافة في الإسلام” والذى تمت مصادرته.

من جانبه أشار الدكتور محي الدين عفيفي أمين عهام مجمع البحوث الإسلامية أن الأزهر الشريف عندما يتحرك ضد أشخاص أصيب فكرهم بالتلوث يأتى تحركه انطلاقا من مسئوليته تجاه المحافظة على الدين الإسلامي من العبث بالعقائد ، ولذلك لا يتحرك الأزهر إلا بعدما يستشعر الخطر على بسطاء الفكر والثقافة ، فالأزهر تحرك قديما سعد الشيخ عبد الرازق بعدما وجد تعارض لارائه  مع صحيح الإسلام ، وعارض اسلام بحيري بعدما وجد أساليبا ملتوية يمكنها أن تؤثر على أصحاب الفكر البسيط ، ولا يمثل هذا وصاية من الأزهر على الخطاب الفكرى قدر ما يعد رعاية لصحيح دين الله.

بينما أشار الدكتور عبد المنعم فؤاد عميد كلية العلوم الإسلامية للوافدين أن  الأزهر الشريف حامى العلوم والمعارف الإسلامية ، وقادته يتحركون عندما يجدون خطرا يحيط بأبناء العالم الإسلامى ، لذا عندما وجد خطر إسلام بحيرى يمكن أن يمتد البسطاء بعد المساس بثوابت الفكر الإسلامي تحرك الأزهر بأساليب قانونية ، وأبناؤه أسهموا في تعرية فكر المخالفين وكشف زيفهم.

ورفض فؤاد وصف الأزهر بالولاية على الأفكار مبينا أن الأزهر الشريف لو ترك الحبل على غارب الحاملين لمعاول هدم التراث الإسلامي فإننا سنصبح على دين لا نعرفه.