أثارت العديد من القضايا، جدلا كبيرا في الوسط الصحفي، وكثر الحديث عنها في وسائل الإعلام المختلفة، واختلف الكثيرون بشأن مدى صحة النشر عنها أو الامتناع عن ذكر تفاصيلها.

تسببت بعض تلك القضايا بمختلف مجالاتها في إغضاب مؤسسات الدولة، الأمر الذي دفع بعضها للرد أيضا عن طريق وسائل الإعلام، أو حبس من قاموا بالكتابة عنها، وكان أبرز تلك القضايا:

- حبس إبراهيم عيسى 6 أشهر في قضية "صحة مبارك"، عام 2008، وقضت محكمة جنح بولاق في ضاحية القاهرة الأربعاء 26-3-2008، بالسجن ستة أشهر على رئيس تحرير صحيفة "الدستور" المعارضة، إبراهيم عيسى، بتهمة "نشر أخبار كاذبة" تتعلق بصحة الرئيس المصري حسني مبارك، حسبما أفاد مصدر قضائي.

- سرقة معروضات متحف في مدينة المنيا، التي تبتعد 300 كيلومتر عن القاهرة، والتي وصفت بـ"أكبر سرقة في تاريخ مصر الحديث"، في أغسطس 2013.

وفي تلك الحادثة، سرق اللصوص أكثر من 1000 معروضة، بينها منحوتة من الحجر الجيري يعود تاريخها إلى 3500 سنة ق.م، ومجوهرات مرصعة قديمة العهد، وقطع نقدية إغريقية ورومانية ذهبية، وبرونزية، وقطع فخارية هي عبارة عن تماثيل لحيوانات وتمثال لإله "الموت" على شكل إنسان برأس طائر أبي المنجل.

- تدمير ذقن "توت عنخ أمون" بالمتحف المصري، في ديسمبر 2014، الأمر الذي وصفته الصحف بـ"الكارثة" وأثار جدلا كبيرا في الصحف ووسائل الإعلام، وتم ذلك خلال عملية ترميم دقن توت عنخ أمون، الأمر الذي نتج عنه آثار سلبية علي القناع.

- قيام جهات أمنية الثلاثاء 10 مارس الماضي، بإيقاف طبع عدد من جريدة "الوطن" المصرية في مطابع الأهرام بسبب تحقيق صحفي كان من المفترض أن تنشره في عدد الأربعاء، يتناول التحقيق الصحفي، امتناع 13 وزارة وجهة سيادية عن دفع الضرائب المُستحقة عليها خلال السنوات الماضية، وعلى رأس هذه الجهات مؤسسة الرئاسة.

وأشارت الصحيفة أن المبلغ المستحق على هذه الجهات يقدر بحوالي 7.9 مليار جنيه  في عام واحد تم التهرب منها.

- ومؤخرا ملف "الشرطة شهداء وخطايا.. ثقوب في البدلة الميري"، الذي نشرته جريدة "المصري اليوم"، 19 أبريل الجاري، إذ رصد الملف عدد من تجاوزات وزارة الداخلية، حتى قامت العديد من وسائل الإعلام بفرد مساحات لمناقشته، وجرائد أخري قامت بالرد، وتطور الأمر إلى أن وزارة الداخلية أعلنت عن اتخاذها الإجراءات القانونيه ضد الصحيفة بسبب نشرها للملف.

وتطور الأمر أيضا عندما قال المتحدث باسم وزارة الداخلية، اللواء هاني عبداللطيف، في مداخلة هاتفية، لبرنامج "البيت بيتك، "إن الوزارة تعترف بالأخطاء الموجودة بها، ولكن هناك بعض الإعلاميين يستغلون تلك التجاوزات"، مضيفا أن التحقيق الذي قام به الصحفي يسري البدري كان بسبب رفض الداخلية منحه تصريح لتغطية أخبار الوزارة.