شهد عدد من مساجد وزارة الأوقاف حالة من الجدل، الذي كاد أن يقترب من الاشتباك اللفظي بين أتباع جماعة الإخوان والجبهة السلفية، بسبب دعوة الخطباء المصلين لأداء صلاة الغائب على روح الملك عبدالله بن عبدالعزيز آل سعود.

وعارض أنصار الإخوان الأئمة ووقفوا في محاريب الصلاة، مؤكدين عدم شرعية تلك الصلاة، لأنها لم تشرع سوى للمفقودين والغائبين، أما العاهل السعودي فكأنه معلوم، وبسبب إصرار أئمة الأوقاف على أداء الصلاة تنفيذا لتعليمات وزير الأوقاف محمد مختار جمعة رفع أنصار الإخوان أصواتهم في المساجد، مؤكدين أن العاهل السعودي أسهم في دعم النظام الحالي بما ساعده على تفعيل مخططه في إسقاط الرئيس الأسبق محمد مرسي.

ومن جانبه طالب وزير الأوقاف محمد مختار جمعة بحصر المساجد التي جرت فيها أحداث الجدل، مطالبا الأئمة الإبلاغ عن أسماء الرموز التي عارضتهم على أداء صلاة الغائب لاتخاذ الإجراءات القانونية حيالهم، باعتبارهم رموزا إخوانية وفقا لمنهجية الضبطية القضائية المقررة لعدد من قيادات وزارة الأوقاف.

وعن أبرز المساجد التى جرى بها الجدل، فهي: الإيمان بمكرم عبيد، والسلام بالحي العاشر بمدينة نصر، والاستقامة بالجيزة، وأسد بن الفرات بالدقي، والعزيز بالله في الزيتون، والتوحيد برمسيس، ومصطفي محمود بالمهندسين،  وعدد من مساجد حلوان والمعادي والهرم ومساجد في المنيا وأسيوط وسوهاج.