من ضمن تلك المواقف كانت قد خصصت جماعة الإخوان كراسي الصف الأول لأنصارها متجاهلة شيخ الأزهر ،حيث خصصت الجماعة لمقام شيخ الأزهر كرسيَّا في الصف الثاني خلف قيادات الجماعة ، لم يرض الإمام الأكبر بهذه الإهانة للأزهر فقرر الانسحاب قبل بدء اللقاء ، واحتج كذلك على عدم تخصيص مقاعد لأعضاء هيئة كبار العلماء في مقدمة الصفوف، في تجاهل واضح للأزهر الشريف وعلمائه. 

 

 

 

وجاء الموقف الثاني حينما سعى الإخوان لفرض عبدالرحمن البَر، مفتي الجماعة، مفتيًا للجمهورية ، حيث جاء موقف هيئة كبار العلماء برفض مساعي الإخوان، وصوتت للدكتور شوقي علام بـ 22 صوت مقابل صوت واحد للبر ،و تعمد الإمام الأكبر إعلان النتيجة في مؤتمر صحفي قبل إبلاغ الرئيس المعزول بها حتى لا يتم رفض النتيجة أو التلاعب بها.

 

 

 

 

الموقف الثالث حينما أصدر الرئيس المعزول في ‬22 نوفمبر 2015، إعلانًا دستوريًّا ليحصن قراراته ويمنع حل مجلس الشورى أو الطعن في لجنة الدستور ويعين نائبًا عامًّا جديدًا، وقرارات أخرى ،و أحدث هذا الإعلان وقيعة وانقسامات بين أبناء الوطن، ما دعا الأزهر الشريف للتحرك ومحاولة للم الشمل الوطني انطلاقًا من مسؤوليته الوطنية.

 

 

وطالب الأزهر في بيان صادر عن مجمع البحوث الإسلامية بتجميد "الإعلان الدستوري" والدعوة إلى حوار وطني فورًا، تشارك فيه كل القوى الوطنية دون استثناء أو شروط مسبقة.

 

 

 

كما سعت جماعة الإخوان خلال حكمها إلى بيع أصول الدولة مع إضفاء صبغة إسلامية مشوهة على ذلك ،و أحال مرسي قانون "الصكوك" الذي أقره مجلس الشورى وقتها، إلى الأزهر لإبداء الرأي الشرعي الذي يمنحه له الدستور ،و جاء رأي الأزهر الذي كان صادمًا لمرسي وجماعته حيث صدر بيان الأزهر بأن "أصول الدولة ملك للشعب وحده، ويجب علينا جميعًا المحافظة عليها، وكل ما لا يتفق مع الضرورات والواجبات الوطنية فهو غير شرعي".

 

 

 

و في 2 يوليو 2013 ألقى الرئيس المعزول خطابًا قبل عزله قائلًا إنَّه سيدفع دمه ثمنًا للبقاء ، على إثر ذلك، أعلن الدكتور عبدالدايم نصير والدكتور محمد مهنا، مستشاري شيخ الأزهر، استقالتهما من مجلس الشورى، وقالا إنَّه كان أولى بمرسي أن يجمع الأمة ولا يمزقها وأنَّ يحقن الدماء ولا يدعو إلى إسالتها.

 

 

وعقب كل ما حدث خلال عام من حكم الإخوان، خرجت جماهير حاشدة في الشوارع في 30 يونيو 2013 ضد حكم الجماعة ، رأى الأزهر أنَّ مصر ضربها مأزق سياسي بين مؤيد لنظام الإخوان ومعارض له، وكلٌّ لا يتزحزح عن رأيه، فأيد الأزهر خارطة الطريق التي انتهى إليها المجتمعون من القوى والرموز الوطنية بإجراء انتخابات رئاسية مبكرة يلجأ فيها الجميع إلى الصندوق.