الفرز بدأ داخل اللجان الفرعية وفقا للقواعد والإجراءات التى وضعتها الهيئة الوطنية للانتخابات للفرز، حيث قال المستشار محمود حلمى الشريف نائب رئيس الهيئة الوطنية للانتخابات،  والمتحدث باسمها، إن رئيس كل لجنة فرعية سيقوم بإجراءات الفرز فى حضور متابعى منظمات المجتمع المدنى والمحلى والأجنبية والهيئات الدولية فضلا عن وسائل الإعلام المرخص لها من الهيئة بالحضور وفى حالة التزاحم يحدد رئيس اللجنة الفرعية العدد الذى يجوز له حضور الفرز بما لا يؤدى إلى عرقلة عمل اللجنة.

وأوضح "الشريف" أن عمليات الفرز تبدأ من خلال قيام رئيس اللجنة الفرعية فى حضور أمناء وأعضاء اللجنة وممثلى الإعلام والمتابعين بفض الأقفال البلاستيكية الموضوعة على صناديق الاقتراع  ،ثم تفريغ صندوق الاقتراع المستخدم من محتوياته بالكامل على طاولة وإطلاع الحضورعلى أنه أصبح فارغا، وفرد بطاقات الاقتراع المطوية واحدة تلو الأخرى على الظهر، ثم تقسيم بطاقات الاقتراع إلى ثلاثة مجموعات للأصوات الباطلة ،  ومجموعة للموافق ومجموعة لغير الموافق ، ثم عد وإثبات عدد الأصوات الباطلة وعدد الأصوات الصحيحة لكل من الاختيارين "موافق، غير موافق".

وكانت الهيئة الوطنية للانتخابات برئاسة المستشار لاشين إبراهيم، ذكرت أن إجمالى عدد اللجان العامة للتصويت على الاستفتاء يبلغ 368 لجنة، وتضم 10878 مركزًا انتخابيا، و13919 لجنة فرعية، تفتح أبوابها على مدار الثلاثة أيام من التاسعة صباحًا وحتى التاسعة مساءً.

والجدير بالذكر أنه يحق التصويت لـ61 مليونا و344 ألفا و503 ناخبين، وتُجرى عملية الاستفتاء على التعديلات الدستورية أيام السبت والأحد والاثنين 20 و21 و22 أبريل للمصريين فى الداخل.