تكن جماعة الإخوان الإرهابية كراهية قديمة وعميقة للدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر، حيث يعود تاريخ الكراهية إلى العرض العسكرى الذى نفذه طلاب الإخوان بجامعة الأزهر أثناء تولى الطيب رئاسة الجامعة، حيث استنكر وقتها اقحام الأزهر في السياسة، وأعلن وقتها أن جامعة الأزهر ليس مؤسسة سياسية ولا يسمح بإدخال المؤسسة في العملية السياسية .

وسبق أن أصدرت الجماعة أوامرها لمليشياتها الشبابية باقتحام مكتب شيخ الأزهر، في حين قابل الإمام الطيب الأمر بالتواضع، كما سبق أن تعمد محمد مرسى الرئيس المعزول إهانة شيخ الأزهر عندما رفض مصافحته، لكن الإمام الأكبر لم يتراجع عن الدفاع عن الدين والوطن .

وأصدر الأزهر بيانات تؤكد أن فكر الإخوان لا يعترف بالأوطان ويكفر المجتمعات المسلمة، وأكد أن الجماعة تسير على خطى داعش، كما تصدى لعملياتهم الإرهابية فكريا، في المقابل استمر إعلام الاخوان الممول من الخارج والذى تديره أجهزة المخابرات المعادية لمصر في الهجوم على الإمام الأكبر.

ومن المواقف المعروفة التي تشير إلى عمق كراهية الجماعة للإمام الأكبر كان في حفل تنصيب المعزول مرسى حيث خصصت جماعة الإخوان كراسي الصف الأول لأنصارها متجاهلة شيخ الأزهر، وخصصت الجماعة لمقام شيخ الأزهر كرسيَّا في الصف الثاني خلف قيادات الجماعة، لم يرض الإمام الأكبر بهذه الإهانة للأزهر فقرر الانسحاب قبل بدء اللقاء، واحتج كذلك على عدم تخصيص مقاعد لأعضاء هيئة كبار العلماء في مقدمة الصفوف، في تجاهل واضح للأزهر الشريف وعلمائه.

وسعت الجماعة لفرض عبدالرحمن البَر، مفتي الجماعة، مفتيًا للجمهورية، حيث جاء موقف هيئة كبار العلماء برفض مساعي الإخوان، وصوتت للدكتور شوقي علام بـ 22 صوتا مقابل صوت واحد للبر، وتعمد الإمام الأكبر إعلان النتيجة في مؤتمر صحفي قبل إبلاغ الرئيس المعزول بها حتى لا يتم رفض النتيجة أو التلاعب بها.

كما سعت جماعة الإخوان خلال حكمها إلى بيع أصول الدولة مع إضفاء صبغة إسلامية مشوهة على ذلك، وأحال مرسي قانون "الصكوك" الذي أقره مجلس الشورى وقتها، إلى الأزهر لإبداء الرأي الشرعي الذي يمنحه له الدستور، وجاء رأي الأزهر الذي كان صادمًا لمرسي وجماعته حيث صدر بيان الأزهر بأن "أصول الدولة ملك للشعب وحده، ويجب علينا جميعًا المحافظة عليها، وكل ما لا يتفق مع الضرورات والواجبات الوطنية فهو غير شرعي".

وفي 2 يوليو 2013 ألقى الرئيس المعزول خطابًا محرضا قبل عزله، على إثر ذلك، أعلن الدكتور عبدالدايم نصير والدكتور محمد مهنا، مستشاري شيخ الأزهر، استقالتهما من مجلس الشورى، وقالا إنَّه كان أولى بمرسي أن يجمع الأمة ولا يمزقها وأنَّ يحقن الدماء ولا يدعو إلى إسالتها.