تعد واحة سيوة من أفضل المناطق في مصر التي يوجد بها آبار مياة طبيعية من أنقى المياة الطبيعية ليس في مصر فقط ولكن على مستوى العالم، وتوجد في واحة سيوة العشرات من آبار المياه العذبة منها الآبار الكبيرة الضخمة والآبار الصغيرة.

وتعتبر سيوة هي المصب للخزان النوبي المصري، وهو أكبر خزان مياه جوفية على مستوى مصر، ينبع من النوبة وأسوان ويمر بمناطق صحراوية وواحات صغيرة ويصب في سيوة.

وتشتهر الواحة بآبار المياة الجوفية، تعد مياهها من أنقى المياة الطبيعية في مصر، مما أدى لاستثمار مصريين وأجانب في قطاع المياة الجوفية التي تخرج من هذه الآبار، وقامت عليها مصانع المياة الطبيعية والتي تشتهر بـ "المياه المعدنية" وتعتمد على آبار المياه لتعبئة منتاجاتها من بينها مصنع مياه سيوة ومصنع مياه حياة وأكوا سيوة وصافي ومياه أمان سيوة.

ولم تقتصر آبار المياه على الشرب فقط بل وتعددت أغراض استخدامها بسيوة فيتم استخدامها في الشرب وفي الزراعة، بالإضافة إلى استخدامها في السياحة للآبار الكبيرة مثل بئر عين كليوباترا وعين رجوا، والتي يتم تنظيم رحلات سياحية لهم يقوم الأجانب بالتصوير هناك والاستحمام بداخلها والاستمتاع بمياهها الطبيعية.

وتمنع الحكومة إنشاء وحفر آبار مياه جوفية جديدة بواحة سيوة لما تتعرض له الواحة من مشكلة الصرف الزراعي وارتفاع منسوب المياه الجوفية بباطن الأرض، والتي يتم العثور على مياه بسيوة على عمق 30 سم من سطح الأرض بسبب كثرة الآبار وحفر آبار عشوائية.

وتحارب وزارة الري والموارد المائية حفر الأبار الجديدة، حيث تم منعها إلا بتعليمات من الوزارة، طبقا للاحتياجات وبمواصفات معينة تنظمها هيئة المياه الجوفية.

ويقول الحاج إبراهيم صالح محمد من عواقل قبائل سيوة، أن هناك العشرات من الآبار بالواحة منها الآبار الرومانية القديمة الموجودة منذ مئات السنين مثل عين كليوباترا وآبار عميقة جديدة تم حفرها مع مطلع التسعينات، وتبلغ عمقها ما يقرب من 1000 متر مكعب، وهي التى تعبأ منها المياه المعدنية في مصانع سيوة، بالإضافة إلى النوع الثالث وهو آبار عشوائية وهي التي يقوم مستصلحي الأراضي الزراعية بحفرها، وهي آبار بغرض الزراعة، موضحا أن جميع أنواع المياه من تلك الآبار نقية، وتعتبر ميهة سيوة من أنقى مياه الشرب في العالم، خاصة وأنها لا توجد بها أي نسبة من التلوث.

ويضيف سلامة محمد من أهالي سيوة، أن هناك آبار مياه للاستشفاء، ينزل إليها الناس في سيوة للعلاج، خاصة من الأمراض الجلدية للأطفال.