لكل سلاح فى القوات المسلحة دور محدد لا يجوز له أن يخرج عنه، وفق الخطط الإستراتيجية والعسكرية التى يضعها قائدو العمليات، سواء كانت هذه المهمة فى البر أو البحر أو الجو.

يقول اللواء أحمد عبدالحليم عضو المجلس المصرى للشؤون الخارجية، إن البحرية المصرية لها مهام محددة تقوم بها، وهى تنقسم إلى شقين، الأول "وقت السلم"، حيث تعمل القوات البحرية في وقت السلم على السيطرة على المياه الإقليمية والاقتصادية، وتأمين النطاق التعبوي للقوات البحرية والأهداف الحيوية والمنشآت الاقتصادية على الساحل وفي البحر، إظهار التواجد البحري بمسرح العمليات وفرض سيادة الدولة والقانون المصري داخل المياه الإقليمية.

تتولى البحرية المصرية أيضا مسؤولية تأمين المجري الملاحي لقناة السويس وكافة الموانئ المصرية، بخلاف الأهداف الساحلية على البحر، كما تقوم القوات البحرية بمراقبة التلوث البحري داخل المياه الإقليمية لتأمين الثروة السمكية والساحلية وحماية البيئة البحرية، والمشاركة في إزالة آثار الكوارث الطبيعية بتنظيم عمليات الإنقاذ والمعاونة البحرية، والمشاركة في إحباط محاولات القيام بالهجرة غير الشرعية ومكافحة أعمال تهريب المخدرات والبضائع المهربة.

أما مهمه القوات البحرية الثانية، فتكون فى وقت الحرب، ويعتمد دور القوات البحرية بشكل كبير على تأمين النطاق التعبوي للقوات البحرية بالبحرين المتوسط والأحمر، والأهداف الحيوية بالبحر، وعلى سواحل الجمهورية، وتدمير وحدات العدو السطحية داخل النطاق التعبوي للقوات البحرية، والبحث عن وتدمير الغواصات المعادية وتأمين الممرات الملاحية للموانئ ضد خطر الألغام، وكذلك تقوم القوات البحرية بالتعرض لخطوط المواصلات البحرية المعادية في النطاق البعيد للقوات البحرية وتأمين حركة النقل البحري من وإلى موانئ الجمهورية، وأيضا معاونة أعمال القتال العاملة على المحاور الساحلية.