وأسندت النيابة العامة للمتهمين ارتكاب جرائم تأسيس وتولى القيادة والانضمام إلى جماعة إرهابية، تهدف إلى تعطيل أحكام الدستور والقوانين ومنع مؤسسات الدولة من ممارسة أعمالها، والاعتداء على حقوق وحريات المواطنين والإضرار بالوحدة الوطنية والسلام الاجتماعى، والتخابر مع منظمة أجنبية المتمثلة فى حركة حماس "الجناح العسكرى لتنظيم جماعة الإخوان"، وتخريب منشآت الدولة، والقتل العمد مع سبق الإصرار والترصد والشروع فيه، وإحراز الأسلحة النارية والذخيرة.

وضمت الـ 54 جريمة التى وجهت للمتهمين العديد من الوقائع ما بين القتل والتفجير وتخريب الممتلكات العامة، ضمت الجرائم 49 واقعة قتل لضباط وأفراد شرطة ومواطنين ولعل أبرزها اغتيال المقدم محمد مبروك والرائد أبو شقرة، واللواء محمد السعيد بمديرية امن القاهرة، كما ضمت وقائع تفجير 3 مديريات أمن أبرزها تفجير مديرية أمن القاهرة، وتخريب 25 منشأة عامة وخاصة ما بيت مبانى شرطة ومساجد وكنائس.

وضمت الـ54 جريمة 7 وقائع سرقة تقريبا أبرزها سرقة مكتب بريد مسطرد وسيارة نقل أموال لإحدى الشركات، وسرقة 3 كيلو ذهب من أحد المواطنين.

ومن أبرز جرائم القتل العمد التى ارتكبها المتهمون، قتل المقدم مبروك خطاب الضابط بقطاع الأمن الوطنى ومسئول ملف الإخوان، واللواء عادل السعيد مدير المكتب الفنى لوزير الداخلية، فردى الشرطة مصطفى ربيع المنشاوى أحمد يوسف من خدمة نقطة النزهة الجديدة، وفرد الشرطة هانى إبراهيم جاد الله من خدمة الارتكاز الأمنى بالطريق الدائرى، قتل صبحى عبد الفتاح مرسى وصلاح محمود فردى شرطة بكمين الباسوس بالقناطر الخيرية.