أصبحت الخلافات والأزمات داخل المجلس الأعلى للجامعات في الأونة هي الأساس في طبيعة العمل بين أعضائه، فبعد إنهاء أزمة المستشفيات الجامعية التي نشبت بين الوزير وعدد كبير من أعضاء المجلس، سرعان ما ظهر خلاف جديد على تشكيل لجان قطاع المجلس الأعلى للجامعات المعنية بالتخطيط وتطوير العمل في القطاعات الدراسية المختلفة: طبية، هندسية، إعلامي، تجارية، وهكذا إلى آخر اللجان التي يصل عددها إلى 22 لجنة.

قال مصدر مسؤول بوزارة التعليم العالي، إن الخلافات بدأت باعتراض وزير التعليم العالي الدكتور السيد عبدالخالق على تشكيل لجان قطاع المجلس الأعلى للجامعات المعنية بالتخطيط وتطوير العمل في القطاعات الدراسية المختلفة،  مبررا اعتراضه برفضه سيطرة الجامعات الكبيرة على تشكيل لجان التخطيط التي يتكون كل منها من 10 أعضاء، فرفض اعتماد المجلس للتشكيل المقدم.

وطالب الوزير بإعادة النظر فيه مرة أخرى بما يضمن تمثيل جامعات الأقاليم بصورة جيدة، مؤكدا لأعضاء المجلس أن عددا غير قليل من الأقسام العلمية بجامعات الأقاليم يشكو دائما مر الشكوى من تأخر اعتماد لوائحه وخططه لافتقادهم وجود من يمثلهم في لجان القطاع.

وأضاف المصدر لـ"دوت مصر"، أن بعض أعضاء المجلس رفضوا هذه المبررات، واعتبروا أن الوزير رفض التشكيل لضم أسماء بعينها من معارف عبدالخالق، واعترض رئيس أحد أكبر الجامعات على استبعاد عدد كبير من الأساتذة المنتمين لجامعته من عضوية اللجان واستبدالهم بأساتذة من جامعات أخرى نتيجة خلافاته الأخيرة مع الوزير.

معركة قانون المستفيات الجامعية والتي خسرها الأخير بعد أن قرر الأعلى للجامعات إعادة الكرة في ملعب كليات الطب لتقديم مقترحات جديدة تضاف إلى مشروع الوزير للمستشفيات، وأن استبعاد هؤلاء الأساتذة لم يأت من جانب الوزير وجاء من جهات سيادية.

من جانبهم، بدأ رؤساء وأمناء لجان القطاعات في إعادة التواصل مع الجامعات لاختيار تشكيل جديدا أملا في أن يلقي توافقا من أعضاء المجلس حتى تبدأ اللجان عملها في رسم ووضع الخطط التي تضمن تطوير العملية التعليمية داخل الكليات المختلفة بما يلبي الاحتياجات المجتمعية ويخدم أهداف الدولة في التنمية خلال الفترة القادمة، بعيدا عن الخلافات الدائمة بين الوزير وعدد من أعضاء المجلس التي باتت السر في تباطؤ العديد من المشاريع داخل الأعلى للجامعات.