اختلف الهيكل التنظيمى لتنظيم  "أنصار بيت المقدس" الإرهابي عقب مبايعته، لقائد تنظيم "داعش" أبو بكر البغدادى ،  حيث أخذ الهيكل التنظيمي للتنظيم الذي أصبح يسمى "ولاية سيناء" قواعد ومعايير تختلف عن كافة التنظيمات الإرهابية في جميع الدول العربية.

"إمارات التنظيم"

وأكد جهادى سابق مقيم بسيناء لــ"دوت مصر"، أن الهيكل التنظيمى لولاية سيناء يقوم على شقين أساسيين هما إمارة عامة ويكون الوالى فيها هو أمير التنظيم نفسه،  وهذا الأمير غير معروف بالمرة إلا للقيادات داخل التنظيم لدواع خاصة بأمن وسلامة التنظيم، بجانب إمارة خاصة وتلك التى يتولى أمرها، مفتى التنظيم، ويتولى أمورها بولاية سيناء أبو أسامة المصرى.

خلية "مفتي التنظيم"

وأوضح الجهادي، أن هذا المنصب هو الأقرب لأمير التنظيم الوحيد القادر على الاتصال المباشر به ، ونقل تعليماته لعناصر التنظيم سواء بشكل مباشر، أو عن طريق إصدار فتاوى ببيانات صوتية أو مكتوبة، كما حدث فى التحريض على قتل جنود الجيش بسيناء، مشيرا إلى أن مفتى التنظيم هو الوحيد الذى يقوم بنقل التعليمات من أمير التنظيم  للقيادات الأقل، والمجموعات الأخرى التى يتكون منها التنظيم، موضحا أن ولاية سيناء تتشكل من  خمس خلايا  لكل خلية منها دور منوط لها ومهام مكلفة بها.

خلية "الاستقطاب"

وكشف الجهادى السابق، أن على رأس الخلايا الخمس التى تتشكل منها  ولاية سيناء، خلية " الدعوة والاستقطاب " وهي الخلية المكلفة باستقطاب عناصر جدد ودعوتهم للانضمام للتنظيم، وهي الخلية الأهم بين الخلايا الخمسة، لأنه منوط بها العمل على تلاشي إندثار التنظيم بضم أعضاء جدد له سواء كانوا منضمين بواقع التأثر الفكري أو مقابل مبالغ مالية.

خلية"الأمن"

وقال إن الخلية الثانية فيطلق عليها اسم " الخلية الأمنية "، وتلك الخلية دورها مثل دور أجهزة المخابرات ، حيث تكون مسئولة عن رصد ومراقبة قوات الجيش والشرطة أو أي هدف يخطط التنظيم لاستهدافه، وتأتي أهمية تلك الخلية في أن نشاط التنظيم وعملياته تعتمد بصورة كبيرة على المعلومات التى ينجح عناصر تلك الخلية في جمعها ، مشيرا إلى أن عددا لا بأس به من عناصر التنظيم دائماً ما يختلطون بالمواطنين لجمع المعلومات.

خلية"الغزاة"

وأوضح أن الخلية  الثالثة، فيطلق عليها " خلية المجاهدين " أو " الغزاة "، وعددها الأكبر بين جميع الخلايا، وتنقسم إلى عدة كتائب لكل كتيبة قائد مسؤول عنها ويصل عناصر كل كتيبة إلى 15 مسلحا، ولها فصيلان الأول يتواجد داخل سيناء، أما الثاني فيتواجد خارجها ويتمركز فى بعض المحافظات الأخرى، وينتظر التعليمات من الولاية لشن أى عمليات إرهابية بالمحافظات التى يتمركزون بها.

خلية "المتفجرات"

وأضاف، أن الخلية الرابعة بالولاية بسيناء، هي خلية المتفجرات وتضم خبراء في صناعة العبوات الناسفة وتفخيخ السيارات، كما أنها تضم عناصر فلسطينية لها خبرة في هذا المجال.

خلية "المجاهدون الإعلاميون"

أما الخلية الخامسة والأخيرة فهي خلية " المجاهدون الإعلاميون "، وهي التي تقوم بكتابة البيانات ونشرها على الصفحات والمواقع الخاصة بالتنظيم، ومن بين عناصرها من يقومون بتصوير الفيديوهات، وأخرون يصوغون البيانات باللغة العربية الفصحى،  وتلك الخلية تكون مسئول بشكل كامل عن النشاط الإعلامي الخاص بالتنظيم.