والمرحلة الثالثة بالخط الثالث للمترو مقسمة إلى ثلاثة أجزاء،الجزء الأول من هذه المرحلة يبدأ من العتبة ويمتد بطول 4 كم، ويشمل "4" محطات نفقية هى "ناصر وماسبيرو والزمالك والكيت كات"، ومخطط الانتهاء من هذا الجزء خلال 55 شهرًا من تاريخ تفعيل التعاقد فى ديسمبر 2016، والجزء الثانى يمتد بطول 6.6 كم وعدد 6 محطات من شارع السودان مرور بإمبابة حتى محطة روض الفرج ومخطط تنفيذه 65 شهرًا من تاريخ تفعيل التعاقد.

كما أن الجزء الثالث يمتد بطول 7.1 كم وعدد 5 محطات من التوفيقية مرورًا بشارعى وادى النيل وجامعة الدول، حتى يصل إلى محطة جامعة القاهرة، إذ يتقاطع مع الخط الثانى للمترو، ومخطط تنفيذه خلال 74 شهرًا من تاريخ تفعيل التعاقد.