وأوضح رئيس قطاع المشروعات بوزارة الآثار، فى تصريحات خاصة لـ "دوت مصر"، أن مساحة المتحف الآتونى تبلغ 25 فدانًا بطول 600 متر على كورنيش النيل، ويتكون المتحف من 14 قاعة للعرض المتحفى، وقد يصل عدد القطع الأثرية المقرر عرضها لحظة افتتاحه إلى 10 آلاف قطعة أثرية.

تحكى القاعة الرئيسية تاريخ مدينة المنيا عبر العصور المختلفة أما باقى القاعات فتحتوى قطعا أثرية تسرد تاريخ و فن الفترة الأتونية، إضافة إلى مسرح وسينما وقاعة مؤتمرات تسع حوالى 800 فرد ومكتبة أثرية ومنطقة بازارات بها 19 بازارا، و 5 بحيرات صناعية تطل على النيل، وعددا من الكافيتريات، إضافة إلى مبنى إدارى به مركز لتدريب العاملين وآخر لإحياء الصناعات والحرف التراثية.

العمل بمشروع بناء المتحف بدأ عام 2002 على ثلاثة مراحل، حيث تضمنت المرحلة الأولى والثانية جميع الأعمال الإنشائية لمبنى المتحف وجميع الأبنية الملحقة، وتم الانتهاء من بناء المتحف فى 2010م، وكانت أعمال التطوير مستمرة، وعندما قامت أحداث يناير 2011، توقفت هذه الأعمال  لعدم توافر الاعتمادات المالية اللازمة لإتمام المشروع، داخل وزارة الآثار التى كانت تعتمد على ميزانيتها الخاصة، وبدأت أعمال التطوير تعود مرة أخرى فى 2015، وذلك لإتمام المرحلة الثالثة من المشروع، التشطيبات والدهانات الخاصة بالحوائط والأسقف ونوعية الأرضيات وأماكن فتحات التكييف والإضاءة، والتأمين.