جاء اسم المتحف الآتوني ضمن الـ 14 متحفا التى قدمها الدكتور خالد العناني، وزير الآثار، إلى رئيس الوزراء الدكتور مصطفى مدبولي، في  خطته خلال السنوات المقبلة لافتتاحها للجمهور، وتم البدء فى إنشاء "الآتوني" في 2002، لهذا نوضح ما وصل إليه المشروع.

قالت إلهام صلاح الدين، رئيس قطاع المتاحف بوزارة الآثار، إن العمل بالمشروع الواقع في محافظة المنيا مستمر، وأعمال التطوير تسير بخطى ثابتة، لأن الوزارة هدفها افتتاح جميع المتاحف المغلقة، في ظل اهتمام الحكومة المصرية بذلك، لافتة إلى أن العمل بمشروع بناء المتحف بدأ عام 2002 على ثلاثة مراحل، حيث تضمنت المرحلة الأولى والثانية جميع الأعمال الإنشائية لمبنى المتحف وجميع الأبنية الملحقة.